Ci sono cinque principali bacini idrografici: il Lago Vittoria, la Rift Valley, il Fiume Athi-Galana-Sabaki (con le zone costiere a sud), il Fiume Tana e a nord il fiume Ewaso Ng’iro. La Rift Valley contiene diversi bacini idrografici interni che costituiscono una catena di bacini endoreici, dal Lago Patron ai confini con la Tanzania, ai Laghi Magadi, Naivasha, Turkana, Elementaita, Nakuru, Bogoria e Baringo, tutti con alcalinità diverse: dall’acqua dolce del Lago Naivasha all’intensa alcalinità del Lago Magadi.